目前已经通过认定的大型跨国公司（包括：500强公司）屈指可数，为什么跨国公司难于通过中国政府的高新认定呢？是不是因为跨国公司对高新认定政策认识不足呢？答案是：大型外资公司一直对中国高新认定政策还是非常关注的，可以说他们对中国整个新企业所得税的规定也是非常熟悉的；原因在于跨国公司进行高新认定亦有一些短期内无法解决的问题，结合华税为数家大型跨国企业提供咨询的经验，对跨国公司进行高新认定面临的挑战主要有以下几点：

1.知识产权不在中国国内。大型外资公司的知识产权大部分都不在中国境内申报，权利人多为国外控股公司或者个人，这样就造成了中国境内外资公司没有知识产权，从而无法申报高新技术企业资格。这样的企业需要尽快调整知识产权的持有人，短期内可以通过签订独占式许可使用合同或者进行知识产权转让等方式使得国内控股公司拥有符合中国法规认可的知识产权，以便于进行高新认定。
2.研发活动不在中国境内完成。亦有相当数量的跨国企业，主要研发活动在国外完成，中国境内的外资企业通过对外支付研发费用的方式获取境外的研发成果，从而造成这些外资公司研发费用不符合中国高新认定管理办法规定的60％的研发费用要在中国发生的规定，从而无法申请高新技术企业资格。这样的企业需要进行系统的安排研发活动和相关费用，才能符合高新认定的条件。
3.人员比例不符合规定要求。中国高新认定的条件要求大专以上学历的员工需要占企业总人数的30％以上，其中研发人员需要占总人数的10％以上。许多生产性大型外资公司由于技术工人数量较多，使得大专以上学历和研发人员比例不符合要求，无法申请认定高新企业资格。这样的企业，需要调整签订劳动合同的职工人数，尽量使得技术工人通过劳动派遣的方式用工而不要签订劳动合同，这样才能使得整个人员比例符合高新认定管理的有关规定。
4.研发组织管理制度、科技成果转化、成长性指标亦需要精心策划，确保符合中国高新认定管理部门的要求，才能通过高新技术企业认定，从而享受高科技企业低税率的税收优惠政策。
新的高新认定管理办法和工作指引对促进中国产业政策的升级和经济的发展必将发挥更大的作用，符合国家产业政策的企业国家予以低税率（15％）的优惠支持，不符合的要按照25％的税率缴纳企业所得税，而且真正打破了行政区域限制。同时，新的高新税收优惠政策也给高新产业提出了新的机遇和挑战，如何能尽快通过高新认定，享受低税率的优惠政策，特别是在企业进行高新认定过程中会同时涉及到法律（知识产权）、人力资源、财务核算、内部管理制度、企业运作模型等方方面面的问题，单靠企业自身的力量往往无法完成，可以借助中介组织的力量来完成。