根据科技部高新技术企业认定管理工作网的数据统计，截至2009年4月，全国只有15991家企业通过高新技术企业认定，相对于2007年32347家数量减少将近一半，造成高新技术企业认定难的主要原因在于，新的高新技术企业认定条件发生变化，很多企业过去可以认定为高新技术企业，但难以符合这些新的硬性指标。 
根据 国科发火[2008]172号、国科发火[2008]362号文件规定，新的高新技术企业认定条件更加强调： 
a)企业拥有核心自主知识产权； 
b)有持续的研发投入，并且必须达到一定的标准。 
疑难一：没有自主知识产权
    对新设企业（包括重组后新设企业），刚成立时一般还没有专利，尚未具备自主知识产权，不符合高新技术企业认定条件。 
对策：
    通过受让、并购等方式取得自主知识产权，或者通过5年以上的独占许可方式取得自主知识产权。 
    根据国科发火[2008]172号文规定，企业除了可以通过自主研发获取自主知识产权以外，还可以通过 受让、受赠、并购 等方式，或 通过 5 年以上的独占许可方式 ，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。 
    企业购买知识产权应注意：
a)必须是购买自主知识产权的所有权或者是全球独占许可，以授权通知书或独占许可协议为依据； 
b)对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权； 
c)自主知识产权的有效期必须等于或长于高新技术企业3年有效期； 
d)购买知识产权后必须注意后续的研发支出占销售收入的比重应符合要求。 
   同时应注意， 专利和其生产的产品或提供的服务都 必须符合国家重点支持的高新技术领域范围。 
疑难二：研发机构与生产机构分离，专利以研发机构的名义申请
对策： 
1、企业委托研发中心开展研发活动，其专利的所有权归委托方。这种方式下，委托方享受研发费加计扣除优惠。 
2、如果企业合并之后，高新技术企业认定的其他指标都符合，可以考虑合并。 
    以上考虑，主要是为了让生产机构也认定为高新技术企业。 
难题三：研发费用占销售额的比例不足，或者科研人员比例不足 
对策： 
    设立独立的研发中心，研发中心获得专利技术后，转让给生产企业使用，或者许可生产企业使用。技术转让所得符合条件可以享受500万以内免征企业所得税，超过部分减半征收企业所得税。 
    这种情况下，生产企业不能认定为高新技术企业，研发机构独立，可以享受更多的企业所得税优惠政策。