2008年4月，《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号）的正式出台；2008年7月《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2008〕362号）正式公布。《管理办法》及《工作指引》对高新技术企业的认定标准和审批程序做了非常严格的规定。在此背景下，原先过程简单、要求很低的高新认定和复审变得非常复杂，整个操作难度和时间跨度都大幅度增加。特别是包括核心自主知识产权、研发费用比例等在内的六项硬性指标， 更使得高新认定和复审工作困难重重。

直观地说，会导致很大一批企业被取消或无法认定高新企业资格，从而无法享受15％的税收优惠政策。 许多原具有高新技术资格的老企业一旦重新认定或复审不成功，将无法继续享受高新优惠的过渡政策，直接承受25%的所得税负担。
而新设企业需要经营满一年以上才能申请高新认定。在新设立企业申报高新时，还需对公司自设立起的研发费用、高新收入等作专项审计，而且必须拥有核心自主知识出产权，而且整个高新认定的法定时限就长达4个月以上，这就造成了新设立的企业想要享受高新优惠实际需要两年以上的准备，一旦前期没有做好充分准备，时间又会延长，认定高新变得遥遥无期。